bioconductor的学习与使用

, 22 Dec 2019



在生物信息学领域 , bioPerl和bioPython 是使用和研究生物信息学的开发者提供的在线资源库，那么bioR应当就是bioconductor。

官网 2018年bioconductor教程

R包安装

#官网安装
if (!require("BiocManager"))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("your-package")

倘若下载速度慢，则更换镜像源

# 先安装BiocManager，它位于CRAN 
if(length(getOption("CRAN"))==0) options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)
# 然后添加BioC的国内源，可以选清华或者中科大
if(length(getOption("BioC_mirror"))==0) options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

快速查找包的文档,如browseVignettes("clusterProfiler")