R

R包开发   28 Mar 2020
R包开发书籍 Writing R Extensions https://qianjiye.de/2015/04/r-packages R包开发 使用devtools+Rtools进行R包开发，而Linux可以使用dockor+Rstudio开发版本。 create_package() library(devtools) create_package("./liripo.R") use_r() 使用use_r("scales")在R文件夹下生成一个scales.R文件。 下面举个我写的例子，参考函数scales::show_col #’ @title show your colors by ggplot2 #’ #’ @param colors colors #’ @param ncol ncol #’ @importFrom ggplot2 ggplot geomtile aes aes #’ @importFrom ggplot2 geom_text scale_fill_manual theme_void #’ @export show_color <- function(colors,ncol = NULL){ n <- length(colors) ncol <- ncol %||% ceiling(sqrt(length(colors))) nrow <- ceiling(n/ncol) tbl <- data.frame(cols = rep(1:ncol,times = nrow), rows = rep(nrow:1,each = ncol), colors = c(colors,rep(NA,ncol*nrow-length(colors))) ) tbl <- na.

ggplot2绘制图收录   08 Mar 2020
文章包含一些我绘制过的ggplot2图一些美化方法。

基因芯片差异性分析   01 Nov 2019
起初使用的是oligo与limma结合分析，可惜的是rma校正后limma分析的结果不合实际，所以直接使用GEO2R上的代码，并修改成不在线的读取data.frame。但是仍旧得探究limma直接读取cel文件的情况。其中还遇到了读取CDF文件的情况。

蒙特卡洛计算Π   01 Jan 0001
π值的计算 构造一个单位正方形和一个单位圆的1/4，往整个区域内随机投入点，根据点到原点的距离>1还是<=1判断点是落在1/4的圆内还是在圆外，从而根据落在两个不同区域的点的数目，求出两个区域的比值。这个比值乘以4，即是圆周率π。 圆的面积：(\frac{1}{4}\pi) 正方形面积：(1) 概率：(p = \frac{1}{\frac{1}{4}\pi} = \frac{圆内点数}{圆外点个数}) so,(\pi = 4p) library(tidyverse) pi_data <- function(n){ x0 <- 0 y0 <- 0 x <- runif(n) y <- runif(n) distances <- sqrt((x-x0)^2+(y-y0)^2) point <- ifelse(distances <= 1, "inside", "outside") id <- 1:n pi_predict <- cumsum(point == "inside")/id * 4 data <- data.frame(id, x, y, distances, point, pi_predict) } data1000 <- pi_data(n = 1000) p1 <- ggplot(data1000) + geom_rect(aes(xmin = 0,xmax = 1,ymin = 0, ymax = 1),color = "black",alpha = 0) + ggforce::geom_arc(aes(x0 = 0, y0 = 0,r = 1, start = 0,end = pi/2)) +coord_fixed() + geom_point(data = data1000,aes(x,y,color = point)) p1 p2 <- ggplot(data1000) + geom_line(aes(x = id,y = pi_predict))+ geom_hline(yintercept = pi) p2 试下动态图 library(gganimate) anim <- ggplot(data1000) + geom_rect(aes(xmin = 0,xmax = 1,ymin = 0, ymax = 1),color = "black",alpha = 0) + ggforce::geom_arc0(aes(x0 = 0, y0 = 0,r = 1, start = 0,end = pi/2)) +coord_fixed() + geom_point(data = data1000,aes(x,y,color = point,group = id)) + transition_reveal(along = id) + labs(title = "frame:{frame} of {nframes}") anim2 <-animate(anim, nframes = 100, fps = 10, width = 550, height = 540, res = 90, renderer = gifski_renderer(loop = T)) anim2 make_run2 <- function(pi_data){ anim <- ggplot(pi_data,aes(id ,pi_predict)) + geom_line() + geom_point(aes(group = seq_along(id)),color = "red",size = 1)+ transition_reveal(id)+ geom_hline(yintercept = pi) anim2 <-animate(anim, nframes = 100, fps = 10, width = 550, height = 540, res = 90, renderer = gifski_renderer(loop = T)) } last <- make_run2(data1000) last